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2009....地球由於化石燃料枯竭.....
..人類開始依靠太阳能發電作為新的能源
地球分做3大勢力.....分別係AEU...人類革新聯盟..Union....
為左自己的威信和繁榮........世界開始第3次大戰.....
在這無法結束鬥爭的世界，出現了東方Project（Touhou Project）「東方」的私設武裝組織，
上海愛莉絲幻樂團（Team Shanghai Alice，上海アリス幻樂団）為了根絕戰爭，進行著超越了民族、国家、宗教的作戰行動。
於是，以彈幕對全戰爭行為的武力介入開始了。

上海愛莉絲幻樂團與聯合國軍的最終決戰後過了四年。建立地球聯邦政府的人類，為了追求更進一步的國家間之統合，以及人類意識的統一，在聯邦正規軍之外，設立了獨立治安維持部隊「A-Laws」，目的為對所有危害聯邦的勢力與主義、思想等進行非人道的壓迫，例如反聯邦的國家、Katharon以及再次出現的上海愛莉絲幻樂團。

為了遵守與霧雨魔理沙的約定，朝著成為宇宙最強巫女之路前進的博麗靈夢，也身不由己的被聯邦政府的變革所捲入。

另一方面，在4年前的最終決戰中存活下來的比那名居天子，默默注視著因為受上海愛莉絲幻樂團影響而變革的世界所產生的變化。打倒監視者神主後，他夢想著能有一個不再有紛爭的和平世界。可是，他所看到的卻是一個由「A-Laws」所製造的扭曲的和平，依然持續著歪斜的現實。於是他決定與能夠改變世界的力量－「彈幕」再次一同戰鬥。